Ma vie en quelques mots : Il a participer à la guerre en Afghanistan et c'est a cette meme guerre qu'il a reçut un blame de ses supérieures pour avoir abandonné son hélicoptère derrières les lignes ennemies pour sauver certains de ses collègues blessés est resté sur le champ de bataille .
Avant de participer a l'expédition "Atlantis" , John Sheppard était est reste un talentueux pilote .
Il a était assigné à une base situé en Antartique , nommé McMurdoch .
Tout démarre à ce moment , la quand il emmène en hélicoptère , le Colonel Jack O'Neill a un avant poste ancien pour une réunion avec le Docteur Elizabeth Weir , Daniel Jackson et Rodney McKay afin de parler de l'expédition .
Etant très intrigués par les infrastructures et les technologies qu'il voyait en face de lui mais qui ne signifiait rien pour lui , John comme a son habitude désobéi a l'ordre d'un de ses supérieures en s'assayant sur le siège des anciens , ce qui par la suite entraina John à participez à l'expédition .
Quelques jours après leur arrivé le Colonel Marshall Sumner mourut de la main d'une reine Wraith ce qui entraina un nouveau concoure de circonstance puisque John fut par la suite le chef militaire de la base .
Durant ces années John reçut une promotion de grade ce qui fit de lui un Lieutenant-Colonel.
Il sauva de nombreuses fois la Cité des Ancétres et ses équipiers d'équipes .
Lorsqu'un jour une mission comme les autres se termina par un voyage dans le futur , 48000 ans après sur Atlantis .
Après son retour au présent sur Atlantis , Sheppard donna le code de l'adresse pour aller chercher Teyla sur la planète en question, Mais il son arriver trop tôt. Mais finalement John et toute l'équipe récupère teyla au main de Michael. Après leur retour sur Atlantis plusieur mission fut passer quand un jour, l'un des Wraith de Todd trouvèrent les coordonner de la terre par un réalité Alternatif. tout les vaisseaux terriens furent très endommager par ce vaisseau. Sheppard eu l'idée d'envoyer Atlantis mais O'neill voulais Sheppard sur le fauteuil sur terre. Sheppard alla sur terre mais au lieu d'aller sur le siège il alla au Baie à 302 pour aller attaquer la flotte de Dart envoyer par le Vaisseau ruche de type Frelon. Mais tout tourna mal, le fauteuil fut détruit, Sheppard eu l'idée d'aller vers le vaisseau et de le saboter de l'intérieur quand Rodney contacta john pour lui dire qu'ils étaient sur le vaisseau. 10 minute plus tard le vaisseau fut détruit et tout l'expédition atlantis on survécu.